As primeiras informações sobre a origem do município estão vinculadas a uma antiga pousada de boiadeiros, localizada em uma estrada construída em 1912, que ligava Araçatuba a Porto Independência, nas margens do Rio Paraná. No entanto, o núcleo original começa a se formar, efetivamente, em 1943, época em que o fazendeiro Modesto Junqueira doa terras para a constituição do patrimônio.
No ano seguinte, inicia-se a construção da estrada que o ligaria a Andradina. Todos esses fatores, somados ao cultivo de gêneros agrícolas variados, principalmente milho, arroz, banana e fumo, estimulam o desenvolvimento da região.
Em 24 de dezembro de 1948, o povoado de Nova Independência é elevado a distrito do Município de Andradina, tornando-se sede em 28 de fevereiro de 1964.